Setting up isotope2.iis.u-tokyo.ac.jp Edit

specification Edit

Name: isotope2
IP: 157.82.150.162
Body: VT64 9500 X-2S
CPU: Xeon X5680 (3.3GHz, hexa core) x2
RAM: 24GB
HDD: 8TB (Raid5) + 320GB (Raid1)
OS: RedHat Enterprise Linux 5 (Server)

OS Edit

業者のほうでRHEL5のインストール済み。ネットワークも設定済みのため、配線するだけで動いた。ただし、一度再起動した際は、なぜかうまく立ち上がらなかった。

softwares Edit

大抵はisotopeからコピーするだけでOK。

  • GrADS1.9 -> /home/kei/GrADS
  • GrADS2.0 -> /home/kei/grads-2.0.a5
  • DCL5.3.3 -> /home/kei/dcl-5.3.3
  • GTOOL3.5 -> /home/kei/gtool3.5
  • 各種ライブラリ -> /usr/local/lib
  • Intel Compiler 11 -> /opt/intel
  • MPICH by intel -> /usr/local/mpich
  • MPICH2 by intel -> /usr/local/mpich2
  • NCL6.0 -> /home/kei/NCL6.0
  • NCL5.0 -> /home/kei/NCL
  • ipython -> rpmパッケージからインストール
  • scipy, numpy, matplotlib -> /home/nitta/python/lib64/python2.4/site-packages

DCLについて Edit

http://www.gfd-dennou.org/arch/dcl/dcl-QA/dcl-QandA-2.html にあるように、別のところで作ったものをコピーするだけだと、Xを出すときに

*** MESSAGE (SWDOPN) ***  GRPH1 : STARTED / IWS =  1.                         
***** ERROR (SWCMLL) ***  COLORMAP LIST DOES NOT EXIST.                       

というエラーが出てくることがある。そのため、DCLを再インストールした。

$ wget http://www.gfd-dennou.org/arch/dcl/dcl-5.3.3.tar.gz
$ tar xvfz dcl-5.3.3.tar.gz
$ cd dcl-5.3.3
$ setenv FC ifort
$ setenv CC gcc
$ setenv DCLDIR /usr/local/dcl-5.3.3
$ ./configure --prefix=/usr/local/dcl-5.3.3 --disable-gtk --disable-gtk2
$ make
$ su
# make install ; exit
$ cd demo
$ make
$ cd gokuraku/hop ; hop

拡張版GTOOL3.5について Edit

URY16等、MIROC5から使用されている変数形式の取扱いを可能にしたGTOOL3.5をインストール。もともとは斎藤さんが作成したもの。

$ setenv GTOOLDIR /home/kei/gtool3.5_fuyuki_xzjmcs1
$ cd $GTOOLDIR
$ setenv DCLDIR /usr/local/dcl-5.3.3
$ ln -sf $GTOOLDIR/libsrc/dcl533-gtool $GTOOLDIR/libsrc/dcl-gtool
$ vi $GTOOLDIR/libsrc/sysmake/Makedef.Linux.endian
--> Modify FC/CC/FLAGS etc. Use $DCLDIR/bin/dclfrt
$ vi $GTOOLDIR/Mkinclude
--> Modify PERLPATH, DCLLIBNAME, etc.
$ make
$ make install

拡張版GTOOL3.5の変な仕様への対処について。 Edit

インストールの仕方によっては、以下のような問題が起きる。

  • 直接アクセスデータが4倍になる
  • ファイル処理後、ヘッダが少しだけ(数十バイト)膨らむ

これらの問題は、依然原因はよくわからないのが、以下の方法で解決可能。

  • 直接アクセスデータが4倍になる
    ./MkincludeのOPTIONSに
    -assume byterecl -convert big_endian 
    をくっつけて、make clean, make, make installをすれば直ります。
  • ファイル処理後、ヘッダが少しだけ(数十バイト)膨らむ
    ./libsrc/sysmake/Makedef.Linux.endianで、SYSCPPFLAGSで、
    ①-DCODE_ENDIAN
    ②-DE_EXTERNAL -DNO_DIREND
    ③-DE_EXTERNAL -DNO_DIREND -DCODE_ENDIAN
    の順で選択し、それぞれでmake clean, make, make installをすれば、
    なぜかなおりました。

特に後者は、なぜ解決するのかすらわからない。cleanしきれない残骸とかを参照してそういうことになっているのかも。