Setting up isotope.ccsr.u-tokyo.ac.jp Edit

specification Edit

Name: isotope
IP: 157.82.233.153
Body: HP Z600
CPU: Xeon E5520 (2.26GHz, quad core) x2
RAM: 6GB
HDD: 1TB x2
OS: RedHat Enterprise Linux 5 (Server)

RHEL 5.4 Edit

Multi languages and Developer's tools can be installed later by "Applications" -> "Add/Remove Software" -> "Languages" or "Development".

Terastation (NAS)の設定 Edit

TS-XHL/R6を導入。WindowsのfilesystemのままRaid6で運用する。

が参考になった。

  • はじめの設定
    • WindowsマシンにNasNavigator2をインストールし、自動検出させる。IPが192.168~のままだとなぜか動かないので(Hubにつないでいるせい?)、157.82.233~を勝手に割り当てた。番号を埋めたことが問題になるようなら後で対応しよう。
    • ユーザー・パスワードを変更する。(重要)
    • 手元のWindowsマシンからディスクに読み書きができるか確認する。
  • Linuxからの設定
    • 上記リンクの"mount -t smbfs"はRH5では動かない。"mount -t cifs"にする必要があるようだ。
    • # mount -t cifs -o username=XXX,password=XXX //157.82.xxx.xxx/share /mnt/nas1
    • ownerやpermissionが少し変になり、tarなどの解凍もあまりうまくはいかないが、バックアップ用途には使えそう。

softwares Edit

Intel compilers (11.1) Edit

http://software.intel.com/en-us/articles/non-commercial-software-download/ からIntel® Compiler Suite Professional Edition for Linuxを選び、ダウンロード。解凍後 、install.shを起動する。

MPICH1.2.7 -> /usr/local/mpich Edit

./configure --enable-debug --prefix=/usr/local/mpich -rsh=/usr/bin/ssh
make
su
make install
  • $MPICHDIR/exampleのhello++.ccのコンパイルでなぜか止まるが、実用上は問題なし。
  • $HOME/.ssh/authorized_keysに$HOME/.ssh/id_rsa.pubもしくはid_dsa.pubを追加しておくことが必要。

MPICH2.1.3 -> /usr/local/mpich2 Edit

特に変わったことなく、

./configure --prefix=/usr/local/mpich2
make
su 
make install

でおしまい。MIROC5.0がMPICH2でしか動かないので入れた。

NetCDF4.0.1 Edit

$ setenv FC ifort
$ setenv CC icc
$ setenv CXX icc
$ setenv CPPFLAGS -DpgiFortran
$ ./configure --prefix=/usr/local/netcdf
$ make
$ su
# make install

DCL-5.3.3 Edit

$ wget http://www.gfd-dennou.org/arch/dcl/dcl-5.3.3.tar.gz
$ tar xvfz dcl-5.3.3.tar.gz
$ cd dcl-5.3.3
$ setenv FC ifort
$ setenv CC gcc
$ setenv DCLDIR-/usr/local/dcl-5.3.3
$ ./configure --prefix=/usr/local/dcl-5.3.3 --disable-gtk --disable-gtk2
$ make
$ su
# make install ; exit
$ cd demo
$ make
$ cd gokuraku/hop ; hop

gtool3.5 Edit

See http://hydro.iis.u-tokyo.ac.jp/~kei/?IT%20memo%2Flinuxmemo#i646c739

udunits-1.12.11 -> /usr/local Edit

needed for GT-GrADS

wget ftp://ftp.unidata.ucar.edu/pub/udunits/udunits-1.12.11.tar.gz
tar xvfz udunits-1.12.11.tar.gz
cd udunits-1.12.11/src
setenv PERL
./configure
make
make install

udunits-2.1.19 -> /usr/local Edit

wget ftp://ftp.unidata.ucar.edu/pub/udunits/udunits-2.1.19.tar.gz
cd udunits-2.1.19
configure
make 
make install

netcdf-3.6.3 -> /usr/local Edit

needed for GT-GrADS

wget ftp://ftp.unidata.ucar.edu/pub/netcdf/netcdf-3.6.3.tar.gz
tar xvfz netcdf-3.6.3.tar.gz
cd netcdf-3.6.3
./configure
make
make check
make install

libgtool3-0.15.3 -> /usr/local Edit

needed for GT-GrADS

Obtain from kmt server (or shui)
configure
make
make install

GT-GrADS -> /home/kei/GT-GrADS Edit

Obtain from kmt server (or shui)
./configure --prefix=/home/kei/GT-GrADS GRADS_DATADIR=/home/kei/GrADS/data configure 
make 
make install

binutils-2.21 Edit

libunwind-0.99 Edit

mpiP-3.2.1 Edit

  • MPIの通信を解析したいプログラムのコンパイル時に
    -L /home/kei/Desktop/mpiP-3.2.1/lib -lmpiP -lbfd -liberty -lm -lunwind
    を追加する。そのプログラムを実行すると、
    mpiP: 
    mpiP: mpiP: mpiP V3.2.1 (Build Apr 26 2011/22:22:13)
    mpiP: Direct questions and errors to mpip-help@lists.sourceforge.net
    mpiP: 
    ではじまり
    mpiP: 
    mpiP: Storing mpiP output in [./fcst_t62k28_n8.x.8.5572.1.mpiP].
    mpiP: 
    で終わる。この./fcst_t62k28_n8.x.8.5572.1.mpiPを読む。

Security Issues Edit

  • avahi-daemonの停止
    # chkconfig --list | grep avahi  #起動状況の確認
    # chkconfig avahi-daemon off
    # /etc/init.d/avahi-daemon stop

参考ページ