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R木の使用例

featureに入っている各地点の緯度経度に対して，

import rtree
def find_nearest_uparea(feature, uparea, lat_list, lon_list, lat_list_cut, lon_list_cut):
    """Find the nearest uparea value from one lonlat point""" 
    tree_idx = rtree.index.Index()
    lon_list_tmp, lat_list_tmp = [], []
    id = 0 
    for j in range(len(lat_list_cut)):
        for i in range(len(lon_list_cut)):                                                   
            geom = (lon_list_cut[i], lat_list_cut[j])
            tree_idx.insert(id, geom)
            lon_list_tmp.append(lon_list_cut[i])
            lat_list_tmp.append(lat_list_cut[j])
            id += 1
    uparea_nearest = []
    for lonlat in feature:
        idx_nearest = list(tree_idx.nearest(lonlat, 1))[0]
        row = np.where(lat_list==lat_list_tmp[idx_nearest])[0][0]
        col = np.where(lon_list==lon_list_tmp[idx_nearest])[0][0]
        uparea_nearest.append(uparea[row, col])
    return np.array(uparea_nearest)

参考リンク

Tutorial, Rtree 0.7.0 documentation